后来，包节再次出巡湖广。显陵守备中官廖斌作威作福欺压百姓，有钟祥县百姓王宪状告廖斌庇护奸豪周章等。他查实后处死周章。廖斌怀恨在心，诬奏包节不先谒皇陵，是对皇帝的大不敬。包节也上奏廖斌的种种劣迹。由于廖斌诬奏在先，嘉靖帝大怒，将包节发配西宁庄浪卫。
庄浪卫属于极边之地，治所在今甘肃省兰州市永登县一带。包节被流放到庄浪卫，失去了俸禄又要充当戍边士卒，住在败屋颓垣中，条件极其困苦。但包节对生活条件的艰苦能泰然处之。他在家书中写道，"雷霆雨露，尽是君恩，险阻患难，无非臣节，所恨目昏不能察烽燧，力微不能挽强弩"，深为不能做贡献而感到惭愧。
包节被流放后，得知母亲和弟弟相继去世，悲痛不已，不久也病死于湟中（今青海省西宁市湟中县）。
隆庆元年（1567），包节因敢于弹劾权贵伸张正义，被追认为光禄少卿（正四品），入祀松江府乡贤祠。
包孝任职监察御史时曾上疏弹劾礼部尚书温仁和，指其伙同左庶子童承叙、右赞善郭希颜、编修袁炜等人在会试中徇私舞弊。后来，他又弹劾巡抚孙襘和吴瀚，最终吴瀚被罢免。
