军屯制度在之后的几十年当中已经慢慢滋生了腐败，让这个制度悄然发生了质变。
在朱元璋的潜意识里，将每个人以及他们的后代安排好职业，下一代出生后这个活有人干了，又不会闲着没事。因此，当时的将士根据军阶分为了收粮食的人和种粮食的人。
这些收粮食的人慢慢就变成了金钱和权力的象征，手中有粮，又管着越来越壮大的军队，开始了腐败。而当时朝廷中出现的宦官和贪官，也将欲望的手伸向了这些"军饷"。
于是，每年收上来的粮食都要经过层层盘剥，所剩无几，真正在边疆守卫的士兵连军饷都很难拿到。以至于到了明朝后期，要去上阵打仗的士兵为了凑齐自己出行的装备，甚至要卖掉自己妻女的凄惨景象。
