尚方宝剑在我国古代往往代表了皇权，一般只有钦差大臣、巡按御史或是代皇帝出征的督军才能够获赐尚方宝剑。而尚方宝剑的作用在明朝的时候被发挥的最大也最频繁，但是有时候这赐出去的尚方宝剑也会误事，甚至造成蝴蝶效应，对历史的进程造成巨大影响。比如在明朝崇祯二年，明思宗朱由检御赐尚方剑给袁崇焕，并封其为兵部尚书、蓟辽督师、太子太保，可是袁崇焕却手持这把代表皇命的尚方宝剑一刀砍了治理东江颇有成效的一品武将左都督平辽总兵官毛文龙，并因此使得满清多了"三顺王",加速了明朝的灭亡。
明朝的尚方宝剑和前几朝大有不同，前几朝的尚方宝剑多为象征性的，虽然代表皇权，但是也不能恣意"专戮"。到了明朝万历年间，由于尝到了"万历三大征"中尚方宝剑化腐朽为神奇作用的甜头，明末开始大量的赐尚方宝剑，常有督军或是总兵被赏赐尚方宝剑，可以"先斩后奏"、"便宜行事"。
当然除了在军事上应用尚方宝剑多一点，都察院的督察御史也有可能拥有尚方宝剑，因为御史往往是代表所以拥有尚方宝剑不一定是一品大员，而是需要代表皇帝权威。尤其是巡按御史，是为代天子巡狩，具有"大事奏裁，小事立断"的权力。明朝历史上甚至还出现七品巡关御史张钦用尚方宝剑阻拦正德皇帝出关的事件，可见尚方宝剑和御史的"监督"意义巨大。
