尼泊尔共产党中央组建了一个工作组对MCC协议进行深入研究，指出MCC协议存在的主要问题，建议修改后予以批准。
第一，如果MCC是美国旨在对抗中国“一带一路”倡议影响力的印太战略的一部分，尼泊尔就不应该接受MCC。
第二， MCC 协议的第7.1节，“各方理解，本协议一经生效，将优于尼泊尔的国内法。”这一条款将MCC协议凌驾于尼泊尔法律之上。
第三，根据MCC 协议附件所述条件，该协议需要“得到印度的同意”才可以实施，这危及尼泊尔的主权。
第四，MCC支持的项目，最终审计完全交给美国，尼泊尔不能参与。
但是美方拒绝修改协议。
尼共党内斗争加剧直至分裂，由统一的尼泊尔共产党恢复为合并前的尼共（联合马列）和尼共（毛主义中心），其内部原因是派系分权不均，外部原因则是印度和美国等西方势力不愿意看到一个统一强大的尼泊尔共产党长期执政。
围绕MCC协议产生的分歧是导致尼共分裂的一个重要原因。
为促使尼泊尔尽快在众议院批准MCC协议，MCC副总裁法蒂玛·苏玛9月9日至12日在加德满都进行为期四天的访问，对尼泊尔主要政党领导人施压。
尼泊尔民众反对MCC协议的抗议活动此起彼伏。有政客指责说，是中国在煽动阻止MCC协议在尼泊尔议会获得批准。但正如一位尼泊尔学者所言，“不是中国，而是尼泊尔人民在抗争，反对MCC是因为该协议与尼泊尔的国家利益相违背。”
值得关注的是，亲印度的大会党主席德乌帕就任总理以来，尼泊尔正在涌起一些反华暗流。
比如印度霸占里普列克、林皮亚杜拉和卡拉巴尼等尼泊尔领土，印度边防部队人员切断尼泊尔青年正在使用的过河绳索令其不幸坠河身亡，德乌帕政府不敢向印度提出抗议，却组建调查组对与中国的边境进行调查，指责中国侵占尼泊尔领土。
《尼中边界协议》规定，如果存在任何边界问题，应成立联合工作组以外交方式解决。但尼泊尔政府却成立一个单边委员会，挑战协议的有效性。
美国作为世界上最发达的国家，应该学习中国，对外援助不附加任何条件。既然尼泊尔明确提出需要要求修改损害尼泊尔利益的协议条款，美国如果真心帮助尼泊尔发展而不是利用MCC协议掌控尼泊尔，并将其纳入印太战略，就应该照顾尼泊尔的关切，对协议进行必要修改。
尼泊尔各主要政党，尤其是尼泊尔各共产党应该团结起来，坚定捍卫尼泊尔的国家利益，将尼泊尔打造成中国与印度、美国和其他国家合作共赢的平台，而不能使其沦为大国竞争的竞技场。
