早在努尔哈赤时期，在宁锦、山海关防线难以攻破的情况下，后金便已经开始积极向西扩张，在他的联姻攻势下，蒙古科尔沁、扎鲁特等部便已经归附后金，而土默特、喀喇沁、兀良哈等部则因为与库图克图汗（林丹汗）的矛盾，为了避免遭到报复，随后也归附后金。
皇太极继位后，东部蒙古各部已经大多归附清朝，因而开始对势力主要集中于漠南地区的库图克图汗进行打击。明崇祯元年（1628年），皇太极派遣贝勒阿济格与喀喇沁部会盟，与东部蒙古各部共约讨伐库图克图汗。
同年九月，皇太极亲率大军西征，察哈尔部控制下的敖汉、奈曼、喀尔喀、札鲁特和喀喇沁等蒙古各部纷纷率兵前来会盟，此时的库图克图汗空有大汗之名，却已经陷入了孤立无援的境地，面对清军和蒙古联军，只能被迫退出西拉木伦河流域，至归化城（今呼和浩特）固守。
明崇祯五年（1632年）4月，皇太极再度亲率大军西征，会同蒙古各部再度攻打库图克图汗，眼看清军势大，库图克图汗不得不放弃归化城继续向西逃窜。然而，在大势已去的情况下，部众逃散十之七八，库图克图汗逃奔青海两年后在青海打草滩病逝。
