04 财富分配问题和中央产生分歧，矛盾彻底爆发
1595年，第一阶段的万历朝鲜战争结束，这时贵州巡抚叶梦熊与四川新任巡抚王继光再次弹劾杨应龙有不臣之举，万历皇帝忍无可忍，下令征剿杨应龙。杨应龙也怂了，向朝廷请罪，拉了十几个替死鬼，并允诺向朝廷缴纳四万两"采木钱"抵罪。这时候丰臣秀吉有第二次出兵朝鲜，为了顾全大局，万历暂时答应了杨应龙，不再追究，但是将次子杨可栋留重庆为质。
杨应龙回去后，开始大肆建造城池和防御工事，扩充军队，准备反叛。他次子杨可栋在重庆为质期间病死，朝廷以杨应龙为缴齐四万两"采木钱"为由，拒绝将杨可栋的遗体归还播州，此举直接引发了杨应龙的叛乱。
万历二十四年，杨应龙兵出播州，劫掠余庆、草塘二司，焚毁兴隆、都匀各卫，在多地展开屠杀。万历二十五年，流窜进入四川、湖广，抢劫村落，屠杀村民，截断驿站，并且大肆招募苗族壮丁入伍，分发钱财粮食，配备精良装备武器，将军队规模扩充至十六万之众，史称"夺地养苗"。
而朝廷这边也结束了与日本的战争，开始全力对付杨应龙的叛乱。万历调集了二十四万大军，兵分八路合围杨应龙，最后将杨应龙围至孤山海龙屯，在围山四十五天后，从后山攻破海龙屯，杨应龙自尽，杨氏政权至此覆灭。
