但这场权力的分配付出的代价实在太大，韦昌辉剿灭东王府，将东王杨秀清的家人及部署全部杀尽，共5000余人，杨秀清部署痛恨韦昌辉，起兵反抗，双方发生血战，又有两三万人互相内斗而死，这场斗争历经两个多月，很多太平天国的精英死于这场内斗中，从此太平天国便走向了下坡路。天京事变之后，太平天国内人心开始涣散，军事形势逆转，即使后来太平军攻下江浙一带，形势上一直处于下风。虽然后期启用了军事新秀陈玉成、李秀成，但还是未能挽回败局，即使取得几场胜利也仅是回光返照而已。
《李秀成自述》中曾点明天京事变是一大误：
东王、北王两家相杀，此是大误。翼王与主不和，君臣相忌，翼起猜心，将合朝好文武将兵带去，此误至大。
