刘裕不准所请,并逮捕了司马文思交由司马休之审处,意思是让司马休之自己杀掉儿子。父子情深,司马体之只是废了司马文思的谯王,并上书刘裕申谢,刘裕很不满意,令江州刺史孟怀三兼督豫州三郡防范他。义熙十一年(415年)春,刘裕逮捕并处死了司马休之次子文宝、侄儿文祖,发兵攻打休之。又暗地写信招降司马休之的府录事参军韩延之。韩延之复信刘裕,在说明司马休之处理司马文思一事无可指摘之后,说刘裕出兵是"欲加之罪,其无辞乎?"斥责刘裕:"伐人之君,啗(音dan,以利诱人)人以利,当面甜言蜜语,背后马上暗算,太可耻了!"最后说"像司马休之这样的有德之主,难道能没有可以授命的臣属吗?"刘裕读了复信,对他的将领佐吏说:"侍奉跟从主人的人,应当像他这样!"韩延之还把刘裕父亲的字--显宗,做自己的字;把刘裕父亲的名-翘,做他儿子的名,用以表示绝不臣服刘裕三月,刘裕大败司马休之,休之携其子文思及新蔡王司马道赐、雍州刺史鲁宗之、竟陵太守鲁轨、南平太守檀范之、梁州刺史马敬、南阳太守鲁范一起投奔秦国。
晋帝加太尉刘裕为太傅、扬州牧,并给予可以佩剑穿履上殿,上朝不用小跑,行朝拜礼不宣报姓名的至高的待遇。义熙十二年(416年)正月,又加刘裕充州刺史,都督南秦州,共都督二十二州。三月又加中外大都督,领司、豫二州刺史。五月,又加领北雍州刺史。十一月,刘裕从伐秦前线派左长史王弘回朝,暗示晋帝给他九锡的殊誉。十二月,诏书刘裕为相国,封十郡为宋公,备九锡之礼。他却又装作辞而不受。义熙十三年(417年),因伐秦有功,晋帝又进刘裕爵位为王,增封十郡,刘裕再次辞而不受。直到这年九月,才接受相国宋公和九锡之命刘裕急于称帝,但又迷信谶(音chen,迷信所说可预言吉凶的文字、图记)语说的"昌明(晋孝武帝司马曜字)之后,尚有二帝"的说法,就派中书待郎王之把晋安帝缢死在东堂,刘裕诡称有遗诏,让司马德文即位,为晋恭帝,以凑够这"一帝"之数。元熙元年(419年)七月,刘裕受晋爵之命。八月,移镇寿阳(今安徽寿县)。
十二月又加殊礼,进王大为大后,世子为大子,元二年(42020年)春,刘裕想受禅称帝,自己不好开口,就请朝臣饮宴,说:"框玄作乱时帝运已移,我兴复帝室,平定四海,功成名就,蒙受九锡,现在年将衰暮,而物忌盛满,所以想率还爵位,回京师养老去了。"群臣只是称颂了一番他的功德,直到日晚走散,没有谁听懂"回京师养老"的意思。只有中书令傅亮,走出门来才下明白了刘裕的用意,这时宫门已关,叩门请见,对刘裕只说了一句:"我暂请回都。"刘裕明白了他的意思。四月,朝廷宣刘裕入朝。六月,傅亮暗示恭帝让位刘裕,拿出起草好的诏书让恭帝抄发。在刘裕戎马征战、苦心经营多年,排抵外敌侵扰之患,剪除内部异己之争以后,终于登上了皇帝的宝座。率师北伐,灭掉南燕、后秦在镇压义军、剪除异己的同时和稍后,刘裕还两度出兵北伐,消灭了南燕和后秦。
