为了巩固自己的统治，蒙哥安排他的两个弟弟忽必烈和旭烈兀分别管理中原和西亚。这两片区域都是当时帝国经济的核心地区。
和他的前任贵由不同的是，蒙哥对蒙古帝国有着宏大的设想。为了实现宏图霸业，他在登基称汗后不久就推出了一系列改革措施。首先是削减了蒙古宗王在各地无限制征税的特权；其次是下令在各个战场上的破坏和屠杀要控制在最小程度，因为攻占遭到严重破坏的城市对帝国没什么好处；再次是要求在已归属蒙古人统治的领土内恢复经济；最后也是最重要的是对整个帝国的征税体系做了统一和固定的标准，让百姓的负担得以减轻。
不过，蒙哥制定的这些改革措施其目的并非是他想当一名"仁君"，而是为了迅速增强蒙古帝国的实力和凝聚力，以为他接下来的扩张计划提供所需的支持。
为了给征服计划做好充分准备，蒙哥在位期间还进行了一次大规模普查行动，人口、牲畜、原材料都被列入普查清单中。如此一来，当帝国在某些方面需要人员或物资的时候，蒙哥和他的顾问们就可以准确实施调配了。
