朱祐樘继位后，马文升由南京兵部尚书调任为都察院左都御史。弘治二年，又被任命为兵部尚书。任职期间，他严格考核，整顿兵政废驰，取得著成效。 朱祐樘统治后期，曾宠信宦官李广。在李广贪腐事发后，朱祐樘深刻反省，继续重用刘大夏、戴珊等贤臣，重新肃清朝纲。
励精图治，实现中兴
朱祐樘体弱多病，却是位非常勤政的皇帝。在弘治元年，王恕提出，请求皇帝在早朝后，能在便殿再次召见群臣，共商治国之道。于是在弘治元年的三月，朱祐樘在文华殿增设了午朝，便于君臣共商国是。
朱祐樘废除苛法，宽以待民；轻徭薄赋，与民生息。他在位期间，废除了多项残暴法令，更正律例，慎用刑罚，编制了《问刑条例》、《大明会典》，做到司法公允，有法可依。在民生方面，他兴修水利，发展农业；废除苛捐杂税，减轻了百姓负担。
