这段历史记载在明史正史之中，也有人提出了怀疑。因为根据沈万三儿子的墓志铭可以看出沈万三死在明末，而且是由儿子们修建的祠堂。张士诚占领苏州是1356年，而"沈万三案"的时间是洪武六年（1373年），此时沈万三以经死了17年了。洪武六年云南还处在北元的控制下，根本不是明朝的势力范围，沈万三怎么戍边云南？所以这段历史，可能还是清朝人为了给朱元璋加戴暴政的帽子编出来的。
至于他的儿子牵扯到蓝玉案，导致株连九族，那就是后来的事情了。
入赘沈家的顾学文因为和同里镇陈某的妻子梁氏私通，被戴了绿帽子的陈某发现心中怀恨在心。在蓝玉案爆发之后，陈某迫不及待地告发了沈家，说他们也参与到造反案之中。顾家包括沈家全家一共72人全部入狱，因为沈家家大业大，就逼供所有的财产，摸清沈家的九族关系就花了好几年。最后顾家和沈家的人全部被凌迟处死，这个曾经让百姓们以为家中有不竭财富的旺族，就这样遭遇了灭族横祸。
