对待明朝的皇室，李自成也是友好的。他许诺崇祯皇帝的长子，也就是当时的太子朱慈烺可以提任何合理的要求。当时朱慈烺提出"不惊扰祖宗陵寝，礼葬父皇母后，诛杀不忠不义的投降官员"三个请求，李自成也尽力满足，同时李自成还封朱慈烺为宋王，由此可见李自成还是很优待明朝皇室的。
安抚完明朝皇室后，李自成看到了皇帝生活的奢靡及妃嫔成群，想着自己也应该体验一把做皇帝的感觉。当时李自成的夫人高桂英在西安，并未跟随他入京。皇宫内有一名宫女叫窦美仪，传闻才貌出众，温柔娴雅，深得李自成之心。趁着自己的夫人不在的机会，李自成临幸了这名宫女，封她为妃，并且赏赐了她一对七宝镂花赤金镯。
瘟疫盛行，缺乏粮饷，两大难题如何破
处理完这些事情后，李自成开始发愁了，当时瘟疫盛行，自己能够顺利攻进北京城也是因为明朝守城官兵得瘟疫而失去战斗力所致，所以为了防止瘟疫在自己的军中盛行，他派人四处寻找医治瘟疫的方法和良药。
