北京城破，清军入关后，南京出现了福王即位，但是福王的爹（第一任福王，被李自成杀了的那个）是万历的宠子，因为和泰昌帝争太子位，东林党反对福王当太子，整个事件持续了几十年，晚明三大案就跟这个有关系。
所以福王即位东林党和拥立福王的势力一直在内讧。清军跟李自成在北方大战时候，南明还支持清军，认为是为崇祯报仇。没有迅速整合军队，建立防线，建立的江北四镇，在清军南下时候，3个投降了，反而加入清军，一直去打南京。
南京投降、福王完蛋后，后来又出现了唐王桂王之争，永历政权和绍武政权在关键时刻却不能团结一致，为争所谓的正统地位而大动干戈，互相攻伐。郑芝龙抱着投机心态投降清军，郑成功坚持抗清，但郑成功支持的是唐王，坐看桂王系的李定国。郑成功自己攻南京，在优势兵力下居然被击败了。
