袁崇焕杀毛文龙之事，一直以来被看作是他的一个污点。诚然，毛文龙部耗费钱粮甚多，存在吃空饷的缺点，甚至有时候根本不听袁崇焕的节制，可以说毛文龙并不是一个纯粹意义上的好人。但是，毛文龙这个人虽然有缺点，却也有不可或缺的作用，那就是牵制后金。每次后金外出作战，毛文龙总是会出兵袭击后金的后方，颇有成效，连康熙的外公都死于毛文龙之手。重点是后金拿毛文龙也没啥办法，毛文龙实力不弱，而且与后金隔海相望，后金根本不好攻打毛文龙。
可以说，毛文龙是明朝牵制后金的一大力量，虽然他们有一定的独立性，不完全听从袁崇焕的命令，但是他们至少没有反叛明朝，而且确实威胁到了后金的后方。有毛文龙存在，后金就不敢对明朝展开全力以赴的进攻。而由于袁崇焕擅自诛杀毛文龙，又无法安抚好毛文龙的余部，最终毛文龙势力彻底消散，唯一能牵制后金的明军，再也不存在了。
袁崇焕擅自诛杀大将，影响明朝的对敌形势，其实他是犯下了大错的。不过由于他承诺过能五年平辽，所以崇祯也一直在压制着自己的脾气，如果袁崇焕真能击败后金，那毛文龙杀了也就杀了。可是崇祯二年，一件事情的发生直接打破了崇祯的幻想。
