李泰国一定要清政府认可他擅自与阿思本签订的合同，而总理衙门则认识到这个合同的实质是"一切均归阿思本、李泰国调度。而每年所用经费则以数百万计，并请将各关税务全归李泰国管理，任其支取使用。其意思借此一举，将中国兵权、利权全行移于外国"。
所以在谈判中不论李泰国如何"反复抗论，大言不惭"，总理衙门坚持认为："所立十三条，事事欲由阿思本专主，不肯听命于中国，尤为不谙体制，难以照办。"
总之，此次总理衙门坚持清政府一定要有指挥权。经过一个多月的争辩，李泰国自知未经清政府认可擅自签约实在没有道理，于是不得不与总理衙门重新议定《轮船章程》五条。其主要内容是：
由中国选派武职大员，作为该师船之汉总统。阿思本作为帮同总统，以四年为定。用兵地方，听督抚节制调遣。阿思本由总理衙门发给札谕，俾有管带之权。此项兵船，随时挑选中国人上船学习。
此外，经费每月供给，统归李泰国经理。
