海瑞来到京城没多久，就给自己买了一个棺材，又将家属托付给朋友。随后，给嘉靖帝上了一封奏折《治安疏》。在《治安疏》中，海瑞直截了当地批评嘉靖帝迷信巫术、不理朝政等，"且陛下之误多矣，其大端在于斋醮。斋醮所以求长生也。自古圣贤垂训，修身立命曰'顺受其正'矣，未闻有所谓长生之说。""陛下将谓悬刑赏以督责臣下，则分理有人，天下无不可治，而修真为无害已乎？"最后又苦口婆心地说，"今大臣持禄而好谀，小臣畏罪而结舌，臣不胜愤恨。是以冒死，愿尽区区，惟陛下垂听焉。"
嘉靖帝看罢，怒不可遏，吩咐左右，"趣执之，无使得遁！"是说要赶紧抓住海瑞，不要让他逃跑了。一旁的太监黄锦说："此人素有痴名。闻其上疏时，自知触忤当死，市一棺，诀妻子，待罪于朝，僮仆亦奔散无留者，是不遁也。"
嘉靖帝闻言，默然。一个人连死都不怕了，还怕什么呢？良久，嘉靖帝说："此人可方比干，第朕非纣耳。"最终没有杀海瑞，只是把他关进监狱。
七
1566年底，嘉靖帝驾崩，享年60岁。
