朱棣靖难成功以后，在南京总是不自在，加上应对北方蒙古残留势力的实际需要南京也确实不适合做国都。经过多年的准备，永乐十九年，朱棣迁都自己曾经的藩居地北平。但此时，实际上北京只是陪都，而南京名义上还是明王朝的首都。直到明英宗年间，北京才成为正式的首都而南京为留都。
或许也正是因为这个原因，加上朱元璋的孝陵还在南京，因此南京在明朝历史上一直一个特殊的存在。首先，南京保留了除了皇宫以外的一套行政机构，南京六部虽然是养老机构，但建制完善，南京兵部还掌握着相当的军事部队和军权；其次，南京应天府在行政级别上与北京顺天府是相同的，高于其他府州；第三，以南京为核心的，现在的江苏/安徽统称南直隶，包括中都凤阳（朱氏先祖陵墓所在地），南京（朱元璋孝陵所在地），也区别于其他省级行政单位。有明一代，从来都是称两京一十三省。
因此，即使是在明代，如果北京的明代文化气息最浓的话，那么南京一定排第二名。
