这个时候，河南的战祸尤其厉害，朱由检本来已经同意了兵部的意见，又传令让曹文诏率兵紧急前往河南剿贼。吴生生又抗言上书力争，请求让曹文诏先平定山西的贼寇，然后进军河南，朱由检没有同意。然而，曹文诏因为吴生生对自己有恩，最后还是取道太原，被吴生生留住了。于是又是一路奔波，剿灭了山西农民起义军后又去剿灭河南农民起义军，最终闯王高迎祥、八大王张献忠率领的各路农民军攻打凤翔，向汧阳、陇州挺进，曹文诏从汉中奔赴前线。农民军都奔向静宁、秦安、清水、秦州一带，兵力将近二十万人。
洪承畴因为文诏的兵力同张全昌、张外嘉的兵力加在一起也只有六千人，与农民军相比较悬殊太大，向朝廷告急，没有得到任何指示。最终还是被迫迎敌，曹文诏于是率领三千人从宁州进军，在镇宁的湫头镇同贼兵相遇。变蛟率先登上城墙，斩首五百人，追敌三十里。
但终因寡不敌众，辗转拼战了几里路。最后体力不支，拔刀自杀而死。游击将领自平定以下死亡的有二十多人。洪承畴听说这个消息后捶胸痛哭，朱由检也为他痛心，追赠他为太子太保、左都督，赐予祭葬的恤典，让他的子孙世袭指挥佥事的官职，并命令有司为他立了庙，每年春秋两季予以祭奠。
曹文诏的忠诚、勇武，世间无比，被称为明末良将中的第一人。对于他的死，农民军中相互庆贺。后来连清朝的乾隆皇帝都评价曹文诏说：曹文诏秉资骁猛，练习戎行，慷慨出师，勇烈并懋。并追谥其为忠果。
