在这个时候，农民军看到陕西兵力强盛，就大都流入山西，他们的首领紫金梁、混世王、姬关锁、八大王、曹操、闯塌天、兴加哈利分别统帅七大营部。每部人数多的有一万人，少的也有五千人，在汾州、太原、平阳等地肆意活动。后来朝廷又命曹文诏出兵剿灭山西农民起义军，曹文诏在山西那是凶名赫赫，令无数农民起义军闻风丧胆，农民军在屡次战败的情况下，避开曹文诏的主力，大都流向黄河以北去了。朱由检帝于是命令文诏移兵前去讨伐。
而农民军已在林县打败了邓玘的军队，曹文诏率领五营兵力夜晚出袭，打败了他们。七月又在柴陵村打败了怀庆的农民军，斩杀其首领滚地龙，又在林源追杀了老回回。曹文诏在洪洞时，同当地休闲在家的御史刘令誉不和。到这个时候，刘令誉来按察河南。四川石石主土官马凤仪的军队在侯家庄被打败，靠着曹文诏的快马赶到才打退农民军。战斗结束后曹文诏刚刚解甲休息，同刘令誉见了面，说话又不投机。
曹文诏拂衣而起，当面斥责了他。刘令誉恼了，就把凤仪的败亡作为曹文诏的罪过。兵部认为曹文诏仗着打了几回胜仗就骄傲起来了，于是把他调往大同。1634年七月，清军入关西征插汉，回师时就随便进入了大同境内，攻占了得胜堡，参将李全自杀身亡，于是就围攻怀仁县以及井坪堡、应州等地。曹文诏同总督张宗衡先驻扎在怀仁坚守。八月，怀仁解了围，就移兵驻扎在镇城，向清军挑战，失败而回。
后来，灵丘以及其他屯兵的城堡大多失陷，清军凯旋而归。十一月朝廷评定各将的罪过，曹文诏、张宗衡以及巡抚胡沾恩一同被定罪充军到边地的卫所。命令刚下达，山西巡抚吴生生就上书推荐文诏知兵善战，请求把他安排到山西来。于是朝廷命令他做援剿总兵官，让他立功赎罪。
