最初，这是一个非常艰苦的工作和人身伤害的问题，通过陈菊的劝说得以解决。万历三十四年，主力在朝廷主持审讯。当时，有一个叫曹学成的建议。因为在开始时，他劝阻日本不要封布揆耳先生的海关，如果他被定罪，他会要求斩首。那时，他已经在监狱里待了将近十年。尽管朝廷的许多大臣请求皇帝赦免他，但皇帝没有答应。这一次，司法部门去请陈炬向皇帝求情，要求释放部长，但陈菊也表示非常抱歉，他不敢向皇帝求情。
然而，他秘密地向皇帝求情，并向皇帝解释曹学成在哪里冤枉了他。后来，曹学成终于被解除了死刑，并被减刑为流放。与此同时，这只是他解决的许多非常微不足道的事情之一。他处理国家事务的生活可以说是浪费了他自己的精力。万历三十年，陈炬69岁时死在自己的房间里。在他死后，当时的明神宗皇帝特别命令他修建九座祭坛，并下令保护他的坟墓。他死后，不仅朝廷的官员出现在他的葬礼上，甚至一些当地人也有意识地穿上白衣服去埋葬他。明神宗还为他建立了一座祠堂，并亲自给他取名为仲卿。
