万历三十四年结束时，云南爆发了一场民众起义，当时许多人联合起来杀害了云南矿业税收特使。当这件事传到明神宗耳中时，他感到非常愤怒，因为这几天明神宗一直没有吃饭。因此，他命令他的部长们了解这些人的内乱细节，并命令所有与此事件相关的官员护送他们从云南到首都受审。然而，护送这么多云南官员并非易事。也是在这个时候，当时第一位内阁成员沈关彝也回家度假了。
沈磊被留在内阁处理事务。面对如此困难的事情，他不敢一个人轻易动手，所以他让陈炬讨论这件事。经过一番思考，陈菊告诉皇帝，如果云南这一地区的所有官员都被逮捕并被押送到首都接受审讯，往返这座城市的旅程将会非常漫长，当地人民仍然会感到不安。最好先在当地调查清楚，宽大处理是最好的，这对这些偏远地区的舒适也有很大好处。当宋神宗听到他这样说时，他仍然觉得更有道理，所以他听取了对方的意见。
