由于天平军转战千里，兵员不断损耗，粮食弹药供应不上，战斗力大大减弱。即使林凤祥尽了最大的努力，也无法突破清军的防线，进攻北京。当时，咸丰皇帝对科尔沁王僧格林沁下令必须在3个月内消灭北伐军。在咸丰皇帝的严令下，科尔沁王僧格林沁率领大军将林凤祥等人围困在连镇。此时，位于天京的洪秀全等大佬们才慢吞吞地派出另外7500人的援军。由于人数太少，在半路就被清军全歼。
此时，洪秀全真应该御驾亲征，全力北伐，但是他却选择了在天京享乐。可怜的林凤祥终因孤立无援，寡不敌众，中箭被俘。随即，林凤祥被押解北京。在清政府的严刑逼供下，林凤祥仅留下一份403字的《供词》，写了其身世及经历而已。随后，清政府下令将林凤祥凌迟处死。
在对林凤祥行刑前，咸丰皇帝特地在午门的城路上看了一眼。只见这林凤祥并非像是传说中凶神恶煞、十恶不赦之徒，长得缺是眉清目秀的，英气逼人。咸丰皇帝只看了他一眼，回宫半天却没说话。其中的原因可能是咸丰皇帝看了林凤祥之后，对自己的统治陷入了深思：奈何如此一个勇猛之人却要当贼，要反我大清。难道我大清真的是不得人心，被百姓所抛弃吗？极思如恐，这让咸丰皇帝是越想越害怕。因此，咸丰皇帝回宫之后半天没有用说话。
1855年6月11日，林凤祥被处于凌迟处死。当时，行刑时，林凤祥毫无惧色，"刀所及处，眼光犹视之，终未尝出一声"，终年31岁。在林凤祥死后，太平天国的大佬们不是内讧，就是继续纸醉金迷，最后被清军一窝端，一个比一个惨！长毛子装神弄鬼，毁了整个江南，自己搞得也是清政府那一套，甚至更混乱，最终苦的还是老百姓呀！太平天国虽说是加速了清王朝的灭亡，但其破坏性更是巨大的，何必要如此瞎胡闹呀！
