杨秀清手握实权，却依然斗不过洪秀全，原因并不在于杨秀清是否拥有实权而是在于杨秀清在没有绝对优势的情况之下，太过心急，其实杨秀清与洪秀全的矛盾，自太平天国运动兴起之就存在。当时洪秀全离开紫金山去广州释放冯云山。然而当时的拜上帝会是一盘散沙，洪秀全的离开，使得拜上帝会内部出现问题。面对突发情况，杨秀清随即在集会上跳大神表演了天父下凡的好戏，迅速稳定了初期局势。这也使得杨秀清在某一些关键时刻比洪秀全的天父之子更有号召力。然而面对这一窘境，洪秀全只能看破不说破。
而杨秀清反而在宗教领导方面比洪秀全更有权威。毕竟一个是爹下凡，一个是二儿子下凡。之后洪秀全无法制止，因为萧朝贵也开始跳起大神说自己是上帝的大儿子，洪秀全的哥哥。在拜上帝教内部洪秀全的比重越来越低。但是为了维护名义上的权威，洪秀全对这两人都予以认可，虽然杨秀清没有什么文化，但是社会经验丰富，能力出众。于是洪秀全便拉拢萧朝贵，这一局面才暂时达到平衡。在1851年洪秀全38岁生日的那一天，拜上帝会在金田村举行起义的仪式，洪秀全成为天王，并以太平天国为国号任命了五军主将。杨秀清也在此时成为真正的二号人物，然而这只是开始。洪秀全最突出的特征是宗教忽悠的能力。在军事和政治方面，洪秀全实在别无长处。
但是杨秀清相比于洪秀全在这两个方面更有能力。因此，在整个太平天国运动的前期，杨秀清的贡献实际上比洪秀全还要多一些，尤其在1856年太平军相继攻克了清军的江南江北大营，北伐也进展顺利，直逼天津，同时西征也夺得了长江聚点。这一胜利也直接导致杨秀清与洪秀全之间矛盾的总爆发，因为对于太平天国真正的领导人，两者一直存在根本分歧。如果太平天国只是一个政治实体的话，那么杨秀清一定是CEO。但是洪秀全依然以拜上帝教的教主地位使自己成为集团董事长，此时双方的实力都势均力敌。虽然太平天国处于鼎盛时期，但是冯云山和萧朝贵都在战斗中牺牲，加上洪秀全隐居深宫，太平天国实际的政治军事领导者只有三个人。
