武则天听说后，查考了她的才学，再看她不屈于命运的倔强，倒有几分自己当年的模样，于是很喜欢她。去掉了她奴婢的身份，收在身边做了个贴身秘书，并让她掌管宫中诏命。
上官婉儿遭受黥刑的原因，在历史上的版本很多。最详细的记载，是唐代学者段公路写的《北户录》中，说武则天和唐高宗每次接见朝臣，都要令上官婉儿卧在桌裙下，记录谈话内容。结果这天来奏事的宰相，是才貌双全的李迥秀。上官婉儿素来仰慕他，所以一边做记录，一边时不时从桌裙下偷窥他。谁知竟被李治发现了，待李迥秀走后，便告诉了武则天。武则天大怒，便拿甲刀扎在她的额头上，并不许她拔下来。上官婉儿忍痛做了一首乞求拔刀的诗。武则天看后，才消气给拔出来。就这样，上官婉儿额头上就有了红色的刀痕。
还有一种说法是上官婉儿和张昌宗苟且，让武则天很生气，扎上她。
不过这后一种说法似乎经不住推敲。以武则天心狠手辣的风格来看，如果上官婉儿真是做了什么大逆不道的事情，根本就不可能活命。
