回到长安的昭宗心情已经郁闷到了极点，他再也没有了即位之初的凌云之志，取而代之的，是终日的长吁短叹和无比消沉的心绪。他"忽忽不乐，多纵酒，喜怒不常"，酩酊大醉之中，小宦官和宫女常常成为他发泄的对象，不是被打就是被杀。彼时，尽管杨复恭已除，但宦官这个附着于大唐肌体上的毒瘤却随时可以疯长，当朝中与朱温过从甚密的崔胤胁迫昭宗任命其为宰相，直接动摇了宦官势力，当接掌神策军中尉的宦官刘季述意识到皇帝的滥杀对自己而言，既是危险，又是机会，他决定挺而走险，酝酿一场大的阴谋。
光化三年（900）十一月，刘季述趁昭宗酒醉，率领一众宦官来了一次逼宫，昭宗被强令交出传国玉玺，和他的何皇后及十几个贴身内侍一起被软禁在了少阳院。可怜堂堂九五之尊，在这群阉宦面前已经全无尊严，少阳院被关门落锁，锁眼以锡汁封死，昭宗每天只能从一个小洞接受饭食。而不知就里的太子李裕则被他们拥立成为一个大唐历史上没有帝号的皇帝。身处动荡的残唐，皇帝，已然成为一个呼来唤去的傀儡，随意取舍的工具。
唐昭宗最终死于朱温之手。作为当时晚唐最大的军阀，朱温是被朝臣们"请来"除阉平乱的，可没想到朱温在平了阉宦集团后，却和当年东汉末年的董卓一样，成了皇帝最大的梦魇。就在长安被朱温变成一片火海的同时，昭宗也被这位乱世军阀如同猎物一样挟持到了洛阳。而在随朱温来到洛阳之后，昭宗的境遇可想而知，他的二百余个少年侍从，在一夜之间全部被朱温勒死，而代之以相同数量的侍从，起初昭宗还没有察觉，过了很久才惊觉自己的周围已全是朱温的耳目，无奈之下，只能借酒浇愁。
只解劈牛兼劈树，不能诛恶与诛凶。--李晔《咏雷》
这两句收录在《全唐诗》的残句，据说是昭宗在洛阳宫中向着头顶的雷霆发出的一声苍凉的质问。当手无寸铁、周围布满耳目的昭宗已经无力回天，他只能祈求上苍的惊雷，劈死朱温这个"窃国大盗"。然而，这注定只能是个荒诞的玩笑，而早已耐不住性子的朱温，最后还是向可怜的昭宗劈去了致命的一刀。天祐元年（904）八月十一日深夜，睡梦中的昭宗被闯进来的军士乱刀剁死，年仅37岁的他再也没能看到大唐的日出。
