八国联军入侵北京之际，许多驻守在京城的清军被打散了编制，这些散兵游勇成为祸害京郊的兵痞。这些兵痞为了谋财，自发组织前往圆明园中砍伐古木，将这些珍贵的古树烧成木炭贱卖，从中渔利。除此之外，部分残存的木质建筑均被兵痞拆毁。在这场"木劫"中，圆明园遭受的破坏，我们已无法估量。至此，圆明园中所有古树、木制建筑全部被破坏。
溥仪逊位后，盘踞在京城的军阀再次对圆明园残存的石料进行洗劫，由于，此时的圆明园废墟已无人管理，亦有民间百姓肆意取用圆明园中的石材。例如：军阀王怀庆在修建达园时，曾带人搬运了大量圆明园的石料。据说，张作霖的陵墓也用到了圆明园的石料。如今，我们在北京大学西门内看到的一对华表，也是当初燕京大学翟牧师从圆明园遗址中私拆的。
在经历了上述三场劫难后，圆明园于1917年前后迎来了"土劫"。在此期间，许多农民进入圆明园，对圆明园故址进行了最后一轮破坏。
在新中国建成后，来到圆明园中开荒的农民越来越多，对圆明园山形水系的破坏也愈发严重。根据1980年的统计资料来看，当时在圆明园范围内总共有七个生产队，共有农民两千余人，住户近三百家。农民们为了开辟稻田，挖山填湖，彻底破坏了圆明园原本的山水格局。为了修建民宅、搭建牲棚，农民们通常会就地取材，挖山取土。
