在他去世之后，葬在了昭陵，李世民为了感谢他为唐朝统一做出的贡献，为他立了几个石马，他也是在唐朝最初的功臣中唯一有这样待遇的人。随后他又被凌烟阁提名，是二十四功臣之一。
上面这些是人们所知道的，但是没人知道他究竟来自于哪里和他的出身如何，所以人们为了让这个英雄的身世完整，就为他杜撰了一个父亲--秦彝，也就是评书中所说，他父亲本来是南陈的大将，但是后来被隋军在守城战中攻破，被迫自杀，因此秦琼和隋朝结下了仇恨。
这正好可以衔接他投降于瓦岗军，而不是当隋朝的烈士，也充分说明了他在后来反隋朝的战役中英勇无比的原因，这一切看来也非常的合理，所以并没有没有什么人反对他这个杜撰出来的身世。
终于在1995年的济南，当地的工人在修公路的过程中发现了一座石墓，在这个石墓中有一座石碑，碑上的文字刻满了字，经过考古学家们的分析和翻译，发现这个石墓的主人竟然是秦琼的"真正"的父亲--秦爱。
