接着孙承宗运筹帷幄，调动马世龙、祖大寿东西两路大军收复了皇太极撤退后留下固守的永平、滦州、迁安、遵化四镇，在关内肃清了清军武装。后孙承宗安排祖大寿修筑大凌河，却因奸臣作梗使工期延误，皇太极得知消息后再次率军包围大凌河，发动长山之战，致使祖大寿假降，何可纲自杀殉国。69岁的孙承宗因此被弹劾，再一次被解职。
孙承宗卸甲归田后，明朝再也无力抵挡清军，清军入关后攻破高阳抓获了孙承宗，多尔衮亲自前来劝降但被拒绝，最后孙承宗坐在椅子上被两名清兵用白绫勒死壮烈牺牲，他的6个儿子、2个侄子、12个孙子、侄孙全家共40余人在高阳保卫战中遇难，满门忠贞，千古英烈。不过民间传说孙承宗的四子孙镐尚在襁褓的小儿子孙尚喜被丫鬟所救，幸免于难。
孙丫鬟将孙尚喜抚养长大并告诉他的身世，让他牢记国仇家恨以伺机为孙家报仇雪恨，可是随着全国的统一清政府政权越来越稳定，孙尚喜一生未有机会反清复明，但他将遗志一代传一代直到孙殿英。孙殿英曾自称孙承宗的后代，他8岁时开赌场的父亲与满人赌徒发生纠纷被杀害，新仇旧恨让发迹后的他干出了轰动全国的盗清东陵事件，被称为"东陵大盗"。
后来冯玉祥曾在孙殿英移防晋城的欢迎会上调侃道："我自以为革命彻底，把宣统小皇帝赶出了紫禁城，可比起孙军长我却差的太远了，他把清朝的祖坟都扒了，真够上革命最彻底"。孙殿英却不羞不恼地反驳道："满清杀了我祖宗三代，我不得不报仇革命啊！盗了清帝陵，我对得起祖宗，也对得起大汉同胞了！"
