当孙承宗雄心勃勃欲大展身手之时，却因魏忠贤乱政及谗言被免职。努尔哈赤听说孙承宗被解职立即率八旗大军来攻，魏忠贤的亲信、辽东经略高第吓得带领关外官兵全部撤回山海关，孙承宗苦心缔造的12车营战车被丢到沟里。幸亏驻守宁远的袁崇焕与满贵抗命不从，以红夷大炮击退后金军，又利用孙承宗缔造的关宁防线击溃皇太极取得了宁远、宁锦两次大捷。
崇祯二年秋天，皇太极率清军绕关宁防线进入长城直逼北京，危急时刻崇祯皇帝将孙承宗官复原职以护卫京师。当袁崇焕与皇太极在广渠门外展开战场僵持之时，孙承宗及时派出通州3000劲旅赶来救援，这才击退了清军。后来袁崇焕被杀，孙承宗一面调度援军保卫京师，一面召回出逃山海关外的祖大寿，同时派战船奇袭敌后迫使皇太极撤出关外，这才稳住了战局。
