朱元璋雷霆震怒，经查这起贪污案规模空前，全国各地12个布政司数万官员牵涉其中，造成的损失折合粮食2400万石。要知道当时国库一年岁入才2900万石，朱元璋彻底愤怒了。
明朝建立后，百废待兴，连马皇后自己都节衣缩食。早在洪武元年，朱元璋告知百官："天下初定，百姓财力俱困，譬如初飞之鸟不可拔其羽，新植之木不可摇其根，要在安养生息之。"经过十几年的休养生息，大明国力蒸蒸日常，但是很多老百姓依旧吃不饱肚子。
朱元璋深知老百姓是统治的基础，但"郭桓案"却让老百姓怨声载道，朱元璋出手了。这起大案，前后历时不到四个月，"自六部左、右侍郎以下……词连直、省诸官吏，系死者数万人"，有的省份官员几乎都被杀绝了。
