1867 年 - 1870 年 陕甘（今陕西甘肃）
同治陕甘回变在1862年开始，左宗棠在1867年接任陕甘总督前清军处于劣势。左宗棠首先派刘松山进攻陕北，至1869年五月肃清陕西境内的回军。表面上归顺清廷的马化龙求和不成，又重新反叛。粮尽援绝的马化龙最终于1870年十一月向左宗棠投降。
赐同进士出身
1875 年 兰州（今兰州市）
清德宗光绪元年（1875年）四月，左宗棠奉命以钦差大臣督办新疆军务。五月，左宗棠上奏请求解除军务回京参加会试。清廷明白他的用意，破例免其考试赐封同进士出身﹐并命入翰林，但因大军在外，著原职行事。自此困扰左宗棠多年的非进士出身的心病得解。
