曾国藩让他撤退，他不肯；曾国藩欲派李鸿章等人率军去助他，他也不要；独自在天京城外深挖壕沟，广筑防御工事，并结合水师，全力出击，靠2万军队击退了号称20万的太平军援部。在历经数次苦战夺下天京城外所有的战略据点，将天京城彻底包围后，曾国荃的心腹、亡命徒李臣典点燃埋在天京城墙下面的三万斤火药，天京这座由太平天国苦心营建的都城，就此陷落。
城破之后，就是非常有曾国荃特色的烧、杀、抢、掠，当然，整个天京就交给了麾下的两万多人去抢，而曾国荃则亲率心腹直抵"国库"，将太平天国多年搜刮的财富尽数搬走，民间流传曾国荃的吉字营湘军掳掠的金银如海、财货如山，一时间，长江上成百上千艘舟船，满载这些财宝驶向湖南。整个天京，活脱脱就是一片人间地狱；最后，曾国荃为了消赃隐罪，他还纵兵放火烧房，使天京城顿成一片火海。
攻陷天京后，曾国藩第一时间就以曾国荃病情严重为由，请求将曾国荃开缺回籍，而"吉字营"也被曾国藩以各种手段化整为零，无从查找；为何？因为清朝廷国库亏空极为严重，就等着用太平天国的"国库"来弥补，可现在财宝都成了曾国荃的私人财物，这是何等大罪？而且在以往，朝廷还指望曾国荃打仗，故而没有追究，但此时太平天国都被灭了，是该秋后算账的时候了。
曾国藩开了曾国荃的军籍及官位，就是一介平民了，朝廷也是无法治罪，而且此时曾国藩正值人生的巅峰，手握三十余万大军，朝廷真的要动曾国荃，恐怕整个湘军都不会同意；不过想让朝廷就此放弃也没这么容易，后来朝廷将曾国藩升为直隶总督，然后让马新贻担任两江总督，为的就是查此事；但没想到堂堂两江总督，竟然被刺杀了，史称"刺马案"，而且更为关键的是，此事最终还不了了之；可见在这场博弈中，曾国藩略胜一筹；而且后来曾国荃还被再次启用。不过"吉字营"，却是成了禁忌，再也没了踪迹。
