次年，左懋第参加科举考试，中进士，开始入朝为官。左懋第不但地方治理出色，个人也非常英勇且精通兵法。左懋第当官两年，就被派到韩城去任职，当时韩城灾荒四起，而且流寇也多，这是一项非常棘手的任务。左懋第才刚到韩城，流寇就开始扰民。左懋第立即组织兵力反击。流寇被迫逃回山上，左懋第乘胜追击，带兵抓捕，维护了韩城的治安。之后开始赈灾，并大力改革，使韩城经济恢复了生机，百姓有了田，有了粮。
之后左懋第担任言官，他深知百姓处在水深火热当中，多次向崇祯皇帝上书，请求减轻百姓的负担和要实行改革，但都没有被采取。左懋第无可奈何。而1643年，左懋第被调离京城，去长江视察工作，还没有返京，明朝就灭亡了。
之后福王朱由崧建立南明，左懋第继续为其效力。只不过朱由崧只想在江南苟延残喘，左懋第并不赞同，多次请求带兵去抵抗清兵，都被拒绝。朱由崧还命令他入京向清廷求和。
