后来开展洋务运动俩人也是多有不和，左宗棠办洋务是学习外国技术，但反对洋人插手中国事物，比如办的福州船政局的时候，左宗棠是逐渐的用国人替代洋员；李鸿章因为精通时务，擅长和洋人打交道，知道外国的技术先进和经验丰富，他则是不反对洋人插手中国事物，他想的是用洋人来增强国力，发展实业。
再到后来就是朝廷关于"海防"与"塞防"之争，作为精通时务，为人干练，圆滑世故的李鸿章考虑到晚晴的财力窘迫，认为日本才是清朝需要防备的对象，所以要集中有限的财力发展海军，主张放弃塞防。但是左宗棠却有着不同的见解，他认为必须要海防与塞防并重，最后朝廷为了平息两派的争斗，塞防海防并举。这就有了后世的左宗棠带棺西征，收复新疆，李鸿章筹建的北洋水师。
其实俩人的不和主要在于左宗棠的性格是直爽任勇，而李鸿章则是世故圆滑，凭借着这份世故圆滑，李鸿章在晚晴混浊的官场是如鱼得水，位居高层；左宗棠幸好凭借着自己的战略头脑和军事才华，以军功显著。所以在朝堂之上左宗棠看不起李鸿章，俩人的不和从剿灭太平军开始，一直到左宗棠去世都没有和解。
