孔融三族被杀和历代"衍圣公"的传承是两个不相干的概念，孔融时代孔子家族的主要传承人是孔子十九世孙奉圣亭侯孔曜以及二十世孙褒成侯孔完，孔赞。可以这么理解，孔曜等人是孔子嫡亲血脉，而孔融虽然名为孔子之后，是旁系所出，又经过二十多代的变迁，早已不是孔子正统，所以三族被杀不可能影响到"衍圣公"的传承。
三国时期所承袭的，其实也是汉朝的制度。所以应当是按照汉朝的灭族制度来处理孔融。曹操灭了孔融三族，指的其实是孔融本人的父亲、母亲、还有妻子这三个人所相关的直系亲属。所以我们可以发现，从孔子那一代算起来，一直到孔融这一代，其实已经经历了二十代，这二十代下来，到了他父亲孔宙这一代的时候，能有多少直系亲属呢？
