太元十四年（389年）六月和太元十五年（390年）正月，镇江陵的荆州刺史桓石民和镇京口的青、兖二州刺史谯王司马恬相继死去，对上下游的争夺遂成为主相相持的焦点。
江陵、京口两藩分别为王忱和王恭所得，到太元十五年（390年）八月，司马道子又以其同党庾楷为豫州刺史。
太元十七年（392年）十月，王忱病死于荆州刺史任上，激起了孝武帝夺回荆州的努力，东晋政局又为之一变。
司马道子欲以王国宝继其弟为荆州刺史，孝武帝自然不乐见荆州这块肥肉落入司马道子手中，他迅速采取行动，不经司马道子所控制的吏部铨选，以"中诏"任命心腹近臣殷仲堪为荆州刺史。
与此同时，孝武帝还任命"以才学文章见昵"的郗恢代替以老病退的朱序为雍州刺史，镇守襄阳。透过这一系列的人事变动，孝武帝在主相相持中占了上风。
