随着谢安被排挤及死去，谢玄也不能自安于北府之任，加以北伐失利和疾病的原因，于太元十二年（387年）正月解除兵权，退就会稽内史，一年后去世，他所节制的徐、青、兖三州也先后被司马道子（兼领徐州刺史）和谯王司马恬（青、兖二州刺史）这两位皇室成员瓜分。
谢玄的引退标志着陈郡谢氏的门阀政治落下帷幕，也意味着孝武帝完成了皇权的收回。
尽管孝武帝实现了亲政，"威权己出"，但他显然不是一位合格的君主。
孝武帝与其弟司马道子一起沉湎酒色，把宫廷搞的乌烟瘴气，又信奉佛教，宠幸僧尼，朝政日益昏暗。
然而，在孝武帝和司马道子"酣歌为务"的表面下，兄弟之间却潜藏着深刻的矛盾，从而形成了太元后期的"主相相持"格局。
