不仅如此，在清朝统治者稳定政权后，还多次出现所谓"朱三太子"、天地会等反清复明组织，直到清朝末地下组织都还存在着。这不得不引起清朝统治者的警觉。
可以说，没有哪个朝代建国遭到百姓和士大夫反抗如此激烈的，也没有哪个朝代灭亡后有如此众多有名无实的皇帝被推举出来反抗新政权。
这一切都源于清廷的出身东北，初为蛮夷，本来势力并没有那么强大，能统一天下靠的是高瞻远瞩的战略，一口一口的吃下的疆土。清朝统治者与明的文化相差太大又强行推进，因此华夷之辨是反清斗争此起起伏的一大重要原因。
因此，清廷统治者既是少数人口统治多数人口，本不能做到面面俱到，而士大夫又总是把朱明后台抬出来反清复明。为防止再有人出来抬出明朝宗室反对统治，清廷一方面抬高朱元璋、祭祀崇祯帝，标榜自己是明朝统治者的合法继承者，是从李自成手里为崇祯帝报仇得的江山；另一方面，对明朝宗室无所不用其极，可以说只要俘虏南明皇帝和皇室，几乎都是全部杀掉，只要发现有可能是宗室，有想法可能反清的朱姓人，一律杀掉。因此才有了明朝宗室们如此悲惨得命运。
