倒不是因为浩罕国有多强大，最主要的还是清朝此时已经无能为力，顾此失彼了。要知道大清强盛时期面对准噶尔汗国还打了将近百年，远距离作战，舟车劳顿，后勤是个大问题。
所以清政府与浩罕国议和了，同意了浩罕汗国向新疆六城地区派遣“长老”，行使领事特权的要求。可浩罕汗国还是没有放弃其对喀什地区的野心，时常支持和卓族人的复国行动，介入新疆事务。
然而浩罕国统治阶级时常有问题发生，还要面临各地的叛乱，实力愈发下降，特别是沙俄的入侵，浩罕国根本无能为力。同一时期，新疆地区再一次发生叛乱，不断衰落的浩罕国竟然还想着去“帮忙”。
带队的阿古柏到了新疆却建立了哲德沙尔汗国，宣布从浩罕独立，这就是中亚屠夫阿古柏入侵新疆。
浩罕国也顾不上了，这个时候沙俄开始大规模入侵浩罕，浩罕国一步步走向了灭亡。逃跑的浩罕国人有很多投奔了阿古柏，这也增加了阿古柏的力量，使得在新疆祸害了十几年，最终被左宗棠消灭。
