成为义军统帅后，朱元璋开启了南征北战的生涯，而马秀英就在随军日子里怀孕了。战事时有紧张，军队生活也颇为简陋，朱元璋身先士卒，始终与部下同甘共苦，没有任何特权。马秀英非常理解丈夫和部下们的处境，有时粮食短缺，身怀六甲的她情愿自己挨饿也要确保将士们能够吃上饱饭。
朱元璋因为幼时流离而没能够接受教育，文化不多，马秀英就常常坐镇军帐，为朱元璋起草文书、拟军令状，把军队的文书事务处理得有条不紊。有时候，马秀英还会给丈夫出谋划策、提点一二，弥补了朱元璋思虑不周之处，马秀英也因此而深得朱元璋的尊重和敬服。
朱元璋在前方冲锋陷阵，马秀英就在后方平稳各种关系、打理军中内务，在攻下南京城后，由于战备吃紧，马秀英带领女儿和身边的仆妇，日夜不眠，为将士们赶制布衣和鞋袜，毫无怨言。
有一次，朱元璋兵逢劲敌陈友谅，敌我实力悬殊，许多地方官员和平民百姓心中十分慌乱，准备连夜收拾家当，外出逃难。
