这一场前后耗时数年的战争，让明廷花费了数百万银两，派遣了数十万精兵。可虽然这些叛乱平定了，李自成高迎祥等率领的农民起义军却已经发展壮大了。不止如此，当明廷打算有所动作之时，云南境内又传来了不好的消息，普名声发动叛乱。
后来普名声用计离间朝廷内部，王伉在阵前被捕，形势一度发生变化，朝廷内甚至主和的声音占据了一定的地位。后来张继孟招降叛匪，普名声死掉后万氏明里受降，暗地里却继续扩张，其势力让当时明朝在这里的统治趋于虚无。而中原陷入水深火热的农民起义浪潮时，明军再也无力征讨西南了。
后来明廷灭亡，直到顺治五年大西军才平定了西南的叛乱。这场叛乱持续了近20年，对当时西南三省造成了深重的创伤。农民起义、清军入关都是明朝灭亡的原因之一，但这20年的西南叛乱对明朝灭亡的影响可以说更加至关重要，明军七成的兵力葬送在了此地，要不是因为这个原因，也许明朝不至于灭亡的那么快。
而西南的创伤直到康熙时期才终于休养好，后来清朝以史为鉴吸取教训，专门在云贵川地区设立了管理机构，终于彻底改变了这里的乱局。
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