这种方式自然是省去了大量的人力物力，也有助于明朝的稳定，可是长此以往必然会让地方上发展出自己强大的武装，以此来威胁到明朝的统治。当时的情况也确实如此，偏远地方势力根深蒂固，让明朝后期考虑到这点的时候，已经有些尾大难掉了。
随着当地的首领的势力日渐强大，因为离得太远，所以就放肆的欺压百姓，也不顾及朝廷的存在了。甚至当时很多势力挑起叛乱，万历三大征中的播州之役就是针对当时的杨应龙，足足花了一年多十万精兵才平复。
后来朝廷当然也想过改制的办法，实行了改土归流，意思即位废除地方上的首领官员，改成由朝廷派遣官员去管理。可惜受到了各方势力的阻挠，最终也没有完全执行，也为后来更大的叛乱留下了后患。
虽然朝廷有心去整顿乱局，但其实当时明朝内部的问题也日趋严重，贪腐这一贯穿历史上各朝各代亡国的原因，到了明朝也无法避免。当朝廷贪腐越来越严重的时候，后金的势力却已经悄然崛起。朝廷发现这一问题，开始增大百姓的赋税，想要扩充军饷，结果百姓叫苦连天。
