但此时，清军已经渡过淮河，史可法赶忙回到扬州，准备抵御清军，但经过内部的斗争，此时的兵力已经不能守得住的扬州了。史可法就上书请求支援，最后只有刘肇及率军驰援，到达扬州后，看到此情形，便要背水一战。但史可法却拒绝了，因为此时的扬州已经被清军围得水泄不通，而城内只有1000守军，战只有全军覆没，还是希望有援军到来。
果不其然，在清军又一次进攻后，西门被攻破，清军顺用而入。这时候，史可法能身先士卒与清兵展开血战，但毕竟寡不敌众，最后落败。就在史可法准备要挥剑自杀，"克尽臣节"的时候，被手下拦下，并准备杀出去，可还是被清军截住。
多铎听了，勃然大怒但又无言以对，因为他知道再说也说不动史可法回心转意，所以大手一挥，史可法就这样被杀害了。据说，史可法死后，尸体都找不到，到第二年时候，亲人以袍服招魂，葬于扬州城外的梅花岭，就是今日的"史阁部衣冠冢"。
在扬州城被攻破之后，多铎竟然下令，清军屠城十日，死在清军屠刀之下的人多达八十几万，这行为简直与禽兽无异。史可法的抗清事迹留下了一段可歌可泣的史实，他那份忠贞不屈的英雄气概永远值得人们敬仰和怀念，哪怕是多铎也对史可法的宁死不屈的英雄气概产生了敬意。
