后来，朱棣成功把姚广孝"挖"到了自己的麾下，朱棣名义上给他安排的工作是庆寿寺住持，暗地里却时常请到府中密谈。
朱元璋驾崩后，建文帝连续削了五位藩王，朱棣发动了靖难之役，姚广孝一路跟着朱棣，为其出谋划策。"在军三年，或旋或否，战守机事皆决于道衍"。也就是说，朱棣在起兵的三年时间内，所有的战场决断，基本上都是道衍做出的。姚广孝也因此被称为"黑衣宰相"。
朱棣为了赏赐姚广孝，先是赐他还俗，结果姚广孝拒绝了，随后朱棣赏赐给姚广孝豪宅和宫女，姚广孝也拒收。白天辅佐朱棣，尽人臣之事，晚上修佛养性，行僧侣之职。"靖难之役"后的姚广孝，是一个低调内敛、毫不张扬的人。
