1521年七月初三，新科进士张璁上疏支持世宗，认为朱厚熜即位是继承皇统，而非继承皇嗣，即所谓"继统不继嗣"，皇统不一定非得父子相继，而且汉定陶王、宋濮王都是预先立为太子，养在宫中，实际上已经是过继给汉成帝和宋仁宗，"其为人后之义甚明"。张璁建议朱厚熜仍以生父为考，在北京别立兴献王庙。朱厚熜见此奏章后大喜，称"我父子得以保全了"。但张璁人单势孤，难以动众，世宗唯有先行妥协。但在奉迎生母蒋妃入京的礼仪上，朱厚熜坚持行以迎皇太后之礼，遭到杨廷和反对后痛哭流涕，表示愿意辞位，奉母返回安陆，杨廷和无奈之下只得让步。当年十月，朱厚熜以皇太后礼迎母亲入宫。
1522年（嘉靖元年）三月，朱厚熜无奈之下，勉强同意称父亲为"兴献帝"，母亲为"兴国太后"。尊封祖母邵氏（明宪宗贵妃）为寿安皇太后，孝宗皇后为昭圣慈寿皇太后，武宗皇后为庄肃皇后。三年之后，朱厚熜的地位已稳固，试图为父母封号加"皇"字。那时已被贬至南京刑部主事的张璁与同僚桂萼等揣测帝意，便纷纷上书重提旧事。两人得以宣诏入京，委为翰林学士，专负责礼仪事项，并迫使杨廷和辞职，而其他反对者都被下狱、贬官夺俸。以张璁和桂萼为中心，在朝廷中形成了支持、奉迎皇帝的"议礼派"，将议礼当作起家的政治资本，因此在酝酿了一段时间后，又重新挑起了议礼之争。
经过三年的大礼议，最后以君权的高压结束，朱厚熜已经羽翼丰满，并且由议礼的过程体会到了如何行使皇权的无上威严，此后变得独断独行、一意独行。如遇上不合自己心意的大臣，都会下狱廷杖。大礼议加强了皇权专制，促成了朱厚熜刚愎自用的政治作风。
大礼议使得杨廷和明世宗两人形同陌路。杨廷和被削官为民，更中断了杨廷和在明武宗去世之后推行的政治和经济改革，世宗日渐腐化，大肆兴建、迷信方士、尊崇道教，又好长生不老之术，此后明朝政治风气愈发颓废。议礼派"以片言至通显"，因迎合皇帝而从下级官员升至首辅、六卿，使朝廷官员看到奉迎君主带来的好处，嘉靖十七年后，内阁14个辅臣中，如徐阶、顾鼎臣、严讷、夏言、郭朴、严嵩、袁炜、高拱，李春芳等，有9人是通过撰写青词起家的。从此明朝官员中谄媚阿上之风盛行，政治风气日益败坏。
大礼议对历史发展产生了严重的消极影响。嘉靖皇帝以旁支小宗入继大统，内心深处实际上隐藏着难言的自卑感和不安。杨廷和等人的"继嗣"论萦绕在他的心头，必须制服群臣才能树立严威。自卑心理转化为刚愎、猜忌、横暴、独断，处处标新立异，时时戒备群臣，千方百计树立威权。
经过大礼议，在理论和礼仪上终于为自己树立了正统地位；在权力上终于独揽乾纲，威慑群臣。除强化了皇权外，还产生了许多其他严重后果。由于朝野上下都把主要精力集中于议礼，因此干扰、冲击、扰乱了政治、经济的进步性改革；由于只要顺着嘉靖皇帝的意愿议礼有功，便可飞黄腾达，甚至一跃而为巨卿宰辅，因此酿成谄媚之风；由于议礼两派党同伐异，势不两立，因此酿成党争之风。所有这一切都加重了朝政的腐败，因此史家说"吏治繁伪，兵政窳（窳，瘦弱；懒惰）惰，民力虚耗，亦由是始"。
