371年，桓温带兵入朝，威胁皇太后，谎称皇帝不能生育，一定要废掉皇帝司马奕。面对桓温的骄兵悍将，皇太后只得听从，下诏废皇帝为东海王。国不可一日无君，桓温便将另外一个亲王司马昱，迎过来当了皇帝。
桓温完全把皇帝当成了摆设，此刻的他，与当年的司马懿如出一辙，只不过，桓家和司马家的地位发生了天翻地覆的变化，此刻司马家成为了桓温手里的鱼肉。他先是将司马家几个有能力的藩王贬为了庶人，又把朝中与自己不合的显贵庾氏彻底打击消灭。
后来，司马昱病死，桓温听说后再次带兵入朝，拜谒皇陵。有谣言说桓温此次要将东晋的王、谢等大家族一网打尽，吓得当时的名臣谢安、王坦等人慌忙跪拜迎接，朝中威望较高的大臣们更是胆战心惊。但是，不久桓温就病死了，由其儿子桓玄继位。
