施耐庵住在江阴多年，有一次他闲来无事，把撰修的《水浒传》拿出来给人看，一时间当地都说是部奇书。有个书坊店的老板见了之后，就刊刻出来。一天施耐庵正在庭院中的槐树下吃酒，突然有个鸟飞到树上，对他连续叫了三声。他觉得很奇怪，取出了三颗青铜钱占了一卦，然后失声叫道：不好祸事来了。立刻从后门往河里一跳之后人影全无。当夜三更时分江阴城的文武官员带兵来到祝塘镇，把他的住宅围住，说是奉了洪武爷的密令拿他。不料让他走了，有人说是跳河水遁走了。
在《梦花馆笔谈》这部笔记中就记载了施耐庵的遗事，在江阴梅氏的家里就藏有一部祖上留下来的一百二十回的手抄本古本水浒传。这本古本水浒传并没有施耐庵的自序，也没有金圣叹的夹批。从第一回王教头私走延安府到第七十回的梁山泊英雄惊噩梦，跟现在版本都大致相同。但是到了第七十回写到燕青去大名府寻找王义王教头，但是不小心被捉，卢俊义则誓死相救。后来写林冲在沂州府杀死高衙内，宋江醉梦入东京，公孙岳神游北岳。这些情节跟现行的版本都非常不同。
最主要的区别是施耐庵的这本古本并没有征四寇这样的桥段，因为正史中征大辽本来就没有发生。另外这本书描写贪官污吏，深刻动人，非常符合施耐庵倡导的平民革命思想，这本书在当时由于写得太过于露骨，所以在洪武朱元璋看到孟子都生气的时代，自然这本书的版本被毁了。原本留下的古本水浒传也只能深藏在家，无人再敢刻印了。就连后来的金圣叹也只是用了前七十回，后五十回直接删掉后加了几句诗就没了。
不过施耐庵版本的古本《水浒传》是不是真的并不重要，因为这个版本给我另外一个研究水浒传的视角，从后来俗套的征讨四寇的虚构故事解脱出来，去认识那个时代白话小说的突飞猛进的发展，给我们留下不朽的精神食粮。
