各省设都指挥使司,每个司归经常某个都督府监管,最高长官为都指挥使(正二品)。
地方上的军事组织由卫所、千户所、百户所组成,各以其地理位置命名。从理论上说,每个卫应该有5600名士兵(五个千户所),每个千户所有1120名士兵(十个百户所),每个百户所有112名士兵。
在监察这一面,从高到低依次为:都察院(中央);提刑按察使司、都察院派遣的巡按御史(省);提刑按察使司委派的道、都察院派遣的巡按御史(地方)。
都察院是明朝的最高监察机构,负责监察、弹劾、风纪管理。最高长官为左、右都御史(正二品)。都察院的主要属员为110名监察御史(正七品),他们在冠以省名的道工作,因此也称十三道监察御史(明朝共设十三个省)。监察御史平时在京城都察院内供职,如奉命巡按地方则为巡按御史。虽然他们的官阶仅为正七品,但他们的职责是代天子出巡,拥有"大事奏裁,小事立断"的特权,因此权限很大。