然而刘备去世，诸葛亮执掌朝政之后，却又将之进一步强化。
诸葛亮时期，益州派被死死压制，根本没有出头之日，除了上文提到的马忠，几乎就没有什么益州本地高官了（当时谯周还没有崛起）。
与之相反的是，诸葛亮却非常重用荆州派，最典型的是马良弟弟马谡与向朗之子向宠。刘备评价马谡"不堪大用"，却被诸葛亮任命为镇守街亭的将军；向宠只是在夷陵之战中安全撤回部队，就被诸葛亮重用，成为《出师表》中唯一提及的武将。
益州本地名将张翼（蜀汉晚期仅次于姜维的军中二把手），资历能力等都不比马谡、向宠差，却并未得到诸葛亮特殊对待。显然，并非益州本地没有良将，而应该是诸葛亮有意不予重用。
