吴押狱把《青囊书》带回家，小心翼翼地藏好后，就回到衙门辞去差事，准备回家研读华佗的毕生所学。然而等回到家后，吴押狱却发现自己的妻子正在焚毁《青囊书》，吴押狱急忙向前抢走剩下的书页。
可惜所剩下的书页只有几张，记载的是阉割家禽走兽的内容，据说，后世阉割动物所使用的依旧是《青囊书》里所记载的方法。
第二种说法，是说吴押狱不敢从华佗手里接过医书，华佗一怒之下就把《青囊书》给烧毁了。而不管是哪种说法，《青囊书》就此消失了，书上的内容也成为未解之谜。
而《青囊书》的消失是比较遗憾的，它让中国的医学损失了很多的东西。
例如，华佗对人体内脏的了解程度如何？他对人的大脑有怎么样的了解？他打算从曹操大脑的哪个部位引出风涎？华佗的麻沸散配方和原理是什么？华佗又是如何控制麻沸散的用量？还有，华佗在实施外科手术过程中又是怎么解决消毒和感染问题的？
这些疑问，随着《青囊书》的消失，也就成了中国历史上的一个未解之谜！
